Actualmente (2012) el MOVICE posee una estructura organizativa conformada por:

-Un Encuentro Nacional al que asisten de 10 a 20 delegados por cada capítulo. Este evento se realiza cada dos años para definir las apuestas ético-políticas del Movimiento.
-Un Comité de Impulso Ampliado en el que se reúnen dos representantes de cada capítulo más las organizaciones del comité de impulso. Este comité se reúne dos veces al año para realizar el balance y proyección del plan de trabajo para cada año.
-Un Comité de Impulso con sede en Bogotá en el que toman asiento representantes de 24 organizaciones, la mayoría de las cuales hace presencia en varias regiones del país. Se reúnen una vez cada 15 días para hacer seguimiento a las acciones políticas sobre el tema de derechos humanos y víctimas.

Un Comité Operativo. En este espacio se encuentran las organizaciones que administran recursos económicos del MOVICE y otras designadas por el comité de impulso para hacer seguimiento a la ejecución presupuestal de los proyectos.  Actualmente hacen  parte del Comité operativo las siguientes organizaciones :

•    Fundación Comité de Solidaridad con los Presos Políticos
•    Colectivo de Abogados José Alvear Restrepo CCAJAR
•    Comité Permanente por la Defensa de los Derechos Humanos.
•    Comisión Intereclesial de Justicia y Paz
•    Asociación Nacional de Ayudas Solidaria.

El Comité Operativo se reúne una vez por mes según la necesidad de entrega de informes o toma de decisiones de carácter operativo con respecto  a los proyectos.

Un Equipo Técnico Nacional conformado por profesionales, auxiliares y voluntarios, encargados de ejecutar acciones de apoyo técnico para garantizar el desarrollo de las actividades adelantadas por el Movice. Las áreas de trabajo especificas del Equipo Técnico Nacional son las siguientes:

Secretaria técnica Nacional
Proyectos
Jurídica
Protección
Prensa
Investigación

TOMA DE DECISIONES

Al ser un movimiento social de carácter nacional se generan espacios de discusión y consenso para definir las líneas políticas que orientan el trabajo del MOVICE.

1.    Encuentro Nacional. Cada año se reúnen víctimas de todo el país para realizar un acto político que visibiliza las posturas de las víctimas de crímenes de estado frente a la situación de impunidad que atraviesa el país. Este encuentro produce un comunicado público que es resultado de las diferentes comisiones de trabajo.  

2.    Comité de Impulso Ampliado, cada seis meses se reúnen delegados de cada capítulo regional y miembros del comité de impulso nacional para hacer balance y proyección de las líneas de acción de lucha contra la impunidad enmarcadas en el plan quinquenal del MOVICE. En este espacio se delibera por comisiones y se asignan tareas concretas a desarrollar durante el semestre, siendo el equipo Técnico el encargado de realizar seguimiento de esas acciones.

3.    Comité de Impulso Nacional, en este espacio se toman decisiones frente a la representación del MOVICE en reuniones con instituciones del Estado, plataformas institucionales, organizaciones sociales; así como las posturas que en estos espacios se deben defender como MOVICE. También se diseñan acciones concretas para enfrentar el contexto de impunidad.

Las decisiones en este espacio se toman por consenso entre las organizaciones que hacen parte

Cuando se deben tomar decisiones políticas de trascendencia se sigue el siguiente procedimiento:

a)    El Comité Nacional de Impulso evalúa la necesidad de una consulta nacional para tomar definiciones.
b)    La Secretaria Técnica Nacional envía una circular informando la situación y solicitando a los capítulos reunirse y discutir para enviar su postura en un acta.
c)    Los Capítulos Regionales se reúnen e informan su postura a la Secretaria Técnica Nacional.
d)    El Comité de Impulso Nacional se reúne y pone en consideración la postura de los Capítulos Regionales para tomar en consenso una decisión.

Si la discusión no se puede enviar por escrito por lo correos electrónicos y sus implicaciones son fundamentales para el MOVICE, se desarrolla una reunión nacional extraordinaria para definir la postura del MOVICE siempre por medio del consenso, excepcionalmente se utiliza el medio de la votación para la toma de una decisión.

4.    Para el tema de financiación y proyectos se procura en la medida de lo posible consultar con los Capítulos Regionales, pero en caso de ser imposible por los tiempos de las convocatorias se ciñe a los planes regionales y al plan quinquenal, teniendo en cuenta las limitaciones (presupuestales, territoriales y de enfoque) impuestas por las agencias financiadoras. Los proyectos siempre se discute al interior del Comité operativo y deben ser aprobados por éste.