El juez 51 Penal de Bogotá lo declaró culpable de la desaparición de once civiles. El general (r) Jesús Armando Arias Cabrales se convirtió en el oficial de más alto rango condenado por el Holocausto del Palacio de Justicia, luego de que la juez 51 Penal de Bogotá lo declarara culpable de la desaparición de los once civiles de la cafetería. El general (r), quien para la época de los hechos comandaba la Brigada XIII del Ejército, era el jefe del Estado Mayor Conjunto que estuvo desplegando el operativo de retoma del máximo escenario de la justicia en Colombia, en el que irrumpieron violentamente guerrilleros del M-19.
Tras el exitoso desenlace del operativo militar, los familiares de once personas que se encontraban en la cafetería denunciaron ante autoridades penales y disciplinarias que sus allegados no se encontraban reportados como retenidos, pero tampoco habían sido reseñados por organismos forenses como víctimas de la sangrienta toma.
Varios de ellos empezaron a recibir llamadas anónimas de supuestos integrantes de unidades de inteligencia del Ejército, que aseguraban que quienes se encontraban en la cafetería del Palacio habían sido trasladados a guarniciones castrenses como sospechosos de participar en la toma guerrillera; allí, manifestaron algunos testigos, fueron torturados sistemáticamente hasta morir.
Meses después de los hechos la Procuraduría recibió un casete en la que un supuesto integrante del B2 relataba la manera como los hoy desaparecidos fueron sometidos a innumerables vejámenes; sin embargo, solo 20 años después, tras el hallazgo de un video de la televisión española, donde varios familiares identificaron a sus seres queridos saliendo con vida la Fiscalía General de la Nación ordenó la apertura de las investigaciones contra altos oficiales involucrados en la desaparición de este grupo de civiles.