El tribunal interamericano estableció que el Estado no investigó diligentemente la relación entre el grupo paramilitar AGDEGAM y altos mandos militares. Menciona de manera particular la falta de investigación de altos mandos como el General Farouk Yanine Díaz, el General Carlos Julio Gil Colorado, y el Coronel Jaime Fajardo Cifuentes.
Varios de los paramilitares implicados en la referida masacre actualmente son beneficiarios del proceso de desmovilización, por lo cual la Corte Interamericana se pronunció sobre algunos aspectos del mismo. Al respecto, estableció que el derecho a la verdad se debe garantizar “en la forma más idónea, participativa y completa posible”, otorgando a las víctimas la posibilidad de participar “en todas las etapas de los respetivos procesos”. La Corte estableció además que las penas impuestas a los desmovilizados deben ser proporcionales, “en función de la diversa naturaleza y gravedad de los hechos,” y aclaró que “el Estado tiene el deber ineludible de reparar de forma directa y principal aquellas violaciones de derechos humanos de las cuales es responsable”. Finalmente, la Corte Interamericana insistió que la concesión del beneficio de indulto bajo el Decreto 128 “exige la mayor debida diligencia de las autoridades competentes para determinar si realmente el beneficiario participó” o no en graves violaciones a los derechos humanos.