La intervención paramilitar en la zona estuvo representada por el grupo Autodefensas Campesinas de Córdoba y Urabá (ACCU) quienes, además de la labor de terror adelantada contra el campesinado, arremetieron fuertemente contra la resistencia que ejercían los mineros artesanales organizados, a través de diferentes comités locales afiliados a Fedeagromisbol. Se suman a estos trágicos hechos las diversas masacres e incursiones a los municipios y veredas.
El Bloque Central Bolívar fue la estructura paramilitar que hizo presencia en el sur de Bolívar, y fue justamente éste el que ejerció control sobre el negocio del narcotráfico en la región. Este bloque es reconocido como la estructura paramilitar más grande del país -a mediados de 2004 se calculaba en 5.000 hombres su pie de fuerza- y tuvo presencia en 23 departamentos.
Los pobladores rurales fueron el principal sector golpeado en el departamento. Cientos de campesinos fueron asesinados, desaparecidos y torturados, muchos exiliados y desplazados, por responsabilidad de miembros del Ejército y paramilitares que actuando en forma conjunta azotaron la zona especialmente en el periodo comprendido entre 1995 y 2003.
Entre las unidades militares que han actuado en el sur de Bolívar se destaca el Batallón de Artillería de Defensa Aérea No. 2 Nueva Granada, pero es la Brigada Móvil No. 1 la principal responsable de Crímenes de Lesa Humanidad en esta región entre 1966 y 1998, desde la acción conjunta con los paramilitares. También han tenido injerencia en los crímenes el Batallón Héroes del Majagual y más recientemente el Batallón Nariño y Batallón de Alta Montaña 46 – Manuel María Torices.
El sur de Bolívar y sur del Cesar han enfrentado altos niveles de represión y de exterminio del movimiento social. Para el año 2008, se enfrentó el fenómeno de los falsos positivos cometidos por la Brigada XV del Ejército con sede en Ocaña: jóvenes que fueron reclutados bajo la promesa de trabajo, fueron asesinados y después entregados como guerrilleros muertos en combate.
Desde el 2017, organizaciones sociales de la región han denunciado la injusticia, atropellos y persecución judicial a la cual están siendo sometidas las personas lideres/as sociales. El operativo más grande capturó a 12 integrantes de movimientos sociales señalados de tener nexos con el ELN y fue ordenado por la fiscal María Bernarda Puentes López, quien ahora se encuentra investigada por hechos de corrupción que favorecen a grupos paramilitares del departamento.
El Capítulo sur de Bolívar se crea en junio del 2009, con un gran encuentro de más de 500 víctimas en la ciudad de Aguachica y luego se articuló a la región del Catatumbo con los procesos de asociaciones de desplazados del Comité de Integración Social del Catatumbo. El capítulo está conformado por la Federación Agrominera del sur de Bolívar (Fedeagromisbol) que agrupa 45 asociaciones de pequeños mineros, agricultores y pescadores, y los comités de víctimas de los municipios de San Pablo, Simití, Santa Rosa, Morales, Rioviejo, Montecristo, Norosí y Tiquisio; el Comité de Víctimas de Aguachica, Gamarra y San Martin, y del Catatumbo; el Comité de Integración Social del Catatumbo (CISCA). Los comités en los municipios están conformados por víctimas directas, asociaciones de mujeres y Juntas de Acción Comunal.